Ini adalah senarai sungai yang tidak lengkap yang sekurang-kurangnya sebahagiannya di Malaysia. Sungai-sungai dikelompokkan mengikut selat atau laut. Sungai-sungai yang mengalir ke laut disusun di sepanjang pantai. Sungai yang mengalir ke sungai lain disenaraikan oleh sungai yang mengalir ke dalamnya. Sungai-sungai yang bermuara di Malaysia ditunjukkan dalam huruf condong. Sungai yang sama mungkin terdapat di lebih daripada satu negeri kerana banyak sungai merentasi sempadan negeri.